同じ読者が何回も開封したら、開封率も上積みでカウントされるのでしょうか？

いいえ、同じ読者のカウントは、1メールにつき1回までとなるため、上積みではカウントされません。
なお、開封率のご確認方法などは、マニュアルをご確認ください。